不妊治療は、一般不妊治療に約2年、高度生殖医療に約3年という期間で考えられています。不妊治療の検査について述べたように、検査そのものに約3ヶ月程度かかる事があり、この間に、各種の検査を受けながら基礎体温をもとにタイミング指導が進められます。そして、各種検査の結果、明らかになった不妊の原因に応じて、実際の治療内容が決定されます。
検査と同時進行で行われるタイミング指導やカウンセリング、不妊の原因に応じて行われる薬による治療（主に排卵誘発剤の使用）、超音波検査で卵胞を観察しながらのタイミング指導、それでも妊娠しない場合の人工授精までが、一般不妊治療の範囲に入ります。ヒューナーテストの結果が良くない場合や、男性側に軽度の不妊原因がある場合は検査で分かった時点で人工授精に進む場合もあります。
一般不妊治療に2年以上取り組んでも妊娠できない場合、高度生殖医療へと進みます。高度生殖医療では、卵巣から卵子を取り出し体外で精子と受精させ、受精卵を子宮内部に戻す「体外受精」と、体外に取り出した卵子と精子を卵管内に戻し、そこで受精させる「ギフト法」が主な治療方法となります。また、卵子と精子の受精を顕微鏡を使って手助けする「顕微授精」という治療法もあります。顕微授精ではこれまで難しいとされてきた重度の男性不妊の治療に可能性が広がっています。
高度生殖医療に進む期間は、約2年間の一般不妊治療の後というのは、あくまで目安です。検査で卵管が完全に詰まっていることが確認された場合や、重度の男性不妊（無精子症など）が分かった場合などは、一般不妊治療をせずに高度生殖医療に進む場合も多くあります。また、高度生殖医療に関しては、数十万単位の費用がかかります。最近では各自治体ごとに不妊治療費助成制度が進められています。特に高度生殖医療については助成対象としている自治体も多いので、ぜひ問い合わせてみましょう。